Pro realizaci MAP budou pravidelně svolávány Pracovní skupiny zřízené Řídícím výborem, kde se budou podrobněji řešit jednotlivá problémová témata. 

Úlohou jednotlivých pracovních skupin je vznášet svá stanoviska, náměty a připomínky k podkladům, které obdrží od realizačního týmu, nebo Řídícího výboru a podílet se tak na konzultačním procesu.

Pracovní skupiny se vyjadřují k: výstupům analytických šetření, problémovým okruhům, klíčovým problémům, prioritám, investičním potřebám, navrženým opatřením, k aktivitám spolupráce apod.